在一次战斗中，奈克赛斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克赛斯。
这时姬矢只好召唤适能者专用的飞行物体逃走，孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。
这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击。这黑暗巨人不但能力与奈克赛斯相同，更可化解“美塔领域”，变成“黑暗领域”，令奈克赛斯陷入苦战之中。这巨人正是黑暗浮士德。
此时夜袭队开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体成为强击切斯特便可突入“美塔领域”。对于奈克赛斯而言可谓多了一个可靠的战友。
一天孤门去到女友莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况不对。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去。
原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德。
两人展开最后的战斗，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡下这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷。当孤门回到真实空间时，莉子已陷入濒死状态，无奈的孤门只好抱着她、看着她化成光消失于眼前。
浮士德事件的幕后黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也。
数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯特结合，得到了黑暗巨人的力量，展开多场残酷的死亡游戏折磨着姬矢准和夜袭队。
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